熒光顯微鏡是一種對能發(fā)熒光的物質(zhì)，或經(jīng)熒光色素染色后能發(fā)熒光的物質(zhì)進行觀察的顯微鏡。它有如下特點：
⒈ 它以紫外光或蘭紫單色光激發(fā)標本的熒光。因紫外光是不可見光，故由標本發(fā)出的熒光與背景反差很大。熒光顯微鏡通常是在黑暗的背景下觀察彩色圖象的，而普通顯微鏡是在亮的背景下觀察較暗的樣品的。熒光顯微鏡的對比度約為普通顯微鏡的一百倍，因此可觀察到用普通顯微鏡看不到的結(jié)構(gòu)和細節(jié)。
⒉ 用肉眼或普通顯微鏡觀察經(jīng)熒光色素染色的樣品時，只可看到整個標本僅以同一顏色著色。而用熒光顯微鏡觀察時，標本會發(fā)出染色色素特有的熒光，呈現(xiàn)出標本的彩色圖案，易于鑒別，可減輕眼睛的疲勞。
⒊ 用熒光色素染色，方法簡單，制作標本容易，有利于快速工作。
⒋ 用于染色的熒光色素只要很低的濃度就能發(fā)出明亮的熒光，一般對機體無毒，故有利于活體觀察，如研究功能器官的變化過程和細微結(jié)構(gòu)，某些代謝過程的變化等。
⒌ 利用熒光還有助于分析物質(zhì)的化學(xué)成分。例如，組織中有些重要成分能與藥物起作用而發(fā)熒光，拒此可鑒定它們的存在或定位。
熒光顯微鏡是生物醫(yī)學(xué)研究的重要工具。幾乎所有的有機分子都能夠直接或經(jīng)適當?shù)幕瘜W(xué)處理后發(fā)出熒光而被觀察分析。在有機化學(xué)和醫(yī)藥方面主要使用橙色和黃綠色兩種熒光，而在無機化學(xué)方面，熒光的顏色很多。此外，還有一些物質(zhì)，即使在紫外線照射停止之后，還可繼續(xù)發(fā)光，呈磷 光現(xiàn)象，也可利用這一特性進行觀察。熒光色素染色法不僅可用于精細觀察一般的細胞組織，也可用于微生物診斷，根據(jù)免疫反應(yīng)作抗原的組織化學(xué)檢驗，以至活體觀察、細胞的生死鑒別等。近年來，熒光抗體法不僅已廣泛地用于組織化學(xué)、微生物學(xué)、病理學(xué)等基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，在抗體的合成、濾過性病毒的增殖和有關(guān)荷爾蒙激素及癌等的組織抗原的研究方面取得不少成果，并已作為臨床診斷手段被推廣，因此要求熒光顯微鏡的操作要更加方便而準確。